“北平私立中国大学校长陈垣，是一位教育界的怪人，他的主持校务，完全是守旧精神为骨干，提倡读经，他到（应为倒）是能身体力行的一位……陈校长有一个小儿子，今年还只十四岁，已能把四书五经完全读毕了，不但文本熟，连注解也读得烂熟如滚瓜，他常常把这个天才儿子在学生面夸说，但学生们闻言之下，都对他嗤之以鼻的。”这是1948年第5期《新园林》杂志上，《开倒车校长：陈垣》文中的内容。
文中有两处明显错误：其一，陈垣是辅仁大学校长；其二，所谓“小儿子”，似指陈智超，他是陈垣的孙子，生于1934年。
陈垣先生与陈寅恪先生并称“南北二陈”，法国著名学者伯希和曾说：“中国近代之世界学者，惟王国维及陈先生两人。”陈寅恪则称：“盖先生（指陈垣）之精思博识，吾国学者，自钱晓徵（即清代著名学者、一代儒宗钱大昕）以来，未之有也。”
大师级学者遭报章如此诋毁，这与陈垣先生坚持的乾嘉学风有关。
这个秀才头衔得来不易
陈垣，字援庵，1880年11月生于广东省新会县石头乡。
新会是陈皮之乡，从事中药贸易者多，陈家几代以此为业。陈垣6岁时，随父陈维启到了广州。
陈垣自小喜读书，13岁上偶然接触张之洞《书目答问》，“书中列举很多书名……我一看，觉得这是个门路，就渐渐学会按着目录买自己需要的书看”。虽无家学，但陈父 “购书无吝”。陈垣16岁时，父亲曾花100多两白银为其购入《二十四史》。
据陈智超先生说，陈垣少年时相貌颇佳，被称为“靓仔垣”。
及长，陈垣参加县试，高中第一。进而赴府试，府试分七场，前两场结束后先发一榜，按例县试第一必入榜，可意外的是，陈垣名列孙山。
当夜，教官来到陈家，要陈垣参加后面的府试，陈垣说已落榜，无继续考试资格。教官说，已将他临时补入名单。
原来，县试主持杨介康（时任新会知县）思想开明，而府试主持施典章（时任广州知府）较保守。陈垣答卷不甚遵照八股文规范，杨看重陈有见解，施则认为陈是“危险分子”。在杨介康力争下，陈垣得以参加三试。
三试时，施典章特意找出陈垣试卷，准备当面驳斥。没想到陈因此前失败，这次刻意写得中规中矩。施挑不出毛病，便在卷上批了“直类孙汶之徒”。孙汶即孙文，其时正遭清廷通缉，写成“汶”，有蔑视之意。施典章后又觉得不妥，将“孙汶”二字改成“狂妄”。
陈垣最终通过府试，成了秀才。
和罗斯福的女儿开个玩笑
1897年，18岁的陈垣到北京参加科举，陈垣自觉“题本偏全，放笔直书，以为必售”，却因八股文差失败。同乡劝他说：“文不就范，十科不能售也。”陈垣“颇以为耻”。
回广州后，陈垣一边当蒙师，一边磨练八股文，两年读尽十科中选试卷。
据陈垣弟子刘乃和说，1903年，陈垣又参加会试，称：“我如果去考试，顺手就可得个举人。”同乡出重金求他代考，陈垣心仪革命，以此筹款，果然帮别人考中举人。
1905年9月，《时事画报》在广州创刊，陈垣是编撰者之一。因美国拒绝废除《华工禁例》，致中国民间兴起“抵制美货”运动，华侨冯夏威在美驻沪领事馆前自刎，表示抗议。
恰在此时，美国总统西奥多?罗斯福（即老罗斯福）派女儿爱丽丝率多名高官巡游亚洲，表达亲善。
爱丽丝相貌姣好，但性格夸张，行为奢侈，被媒体讽为“爱丽丝公主”。罗斯福用她转移媒体视线，真正目的是让同行的副总统塔夫脱（因体重300多斤，绰号大胖子，后成美国总统，是美国历史上最胖的总统）与日媾和，同意其吞并朝鲜。
爱丽丝到广州时，《时事画报》四处张贴漫画《龟抬美人》，画两只乌龟抬轿子，上坐一美女，鼓动轿工拒绝给爱丽丝服务。清政府震怒，逮捕多人，后惮于民意，不了了之。《时事画报》不久停刊。
陈垣为革命党偷运过枪支，他的两个孩子从其抽屉中翻出一支手枪把玩，却突然走火，幸未伤人。
给鲁迅当过几个月的上司
1906年，陈维启患病，痛苦异常，中医束手，只好去广州博济医院开刀，取出一块鸡蛋大的膀胱结石，此事促使陈垣学习西医。
1907年，27岁的陈垣考入博济医学院，第二年因不满院方歧视华人，愤而退学，后参与创办光华医学院，并在此继续学习，“于细菌学尤具有心得”。1910年，陈垣毕业后留校任教。
1911年2月，陈垣又与康仲荦创办《震旦日报》，鼓吹革命。
辛亥革命胜利后，陈垣作为元老，曾见过辞去临时大总统之职的孙中山，孙年长14岁，二人生日是同一天。
1913年，34岁的陈垣当选众议员，从此定居北京。
到北京后，陈垣加入梁士诒发起的广东公会。梁外号“了哥”，时任袁世凯总统府秘书长兼交通银行总理，被戏称为“二总统”。宋教仁遇刺后，国民党分裂，梁士诒与陈垣等组成潜社，被称为“梁之私党”。
陈垣与梁士诒关系密切，一因同乡之谊；二因梁极欣赏陈的才干；三因梁肯花钱，每月自掏腰包，补贴潜社社员200元。
有了这层关系，孙中山在广州成立南方政府时，陈垣曾联名发电谴责。
梁士诒先后主持全国税务处、公债局、毛革改良会等，陈垣都曾加入。1921年12月，梁任国务总理，陈垣任教育次长，代未到职的部长黄炎培主持工作，是鲁迅的上司，但不久便辞职了。
据1922年3月20日《民国日报》报道，因拖欠薪水，小学教师们屡到部索要，陈垣表示“垣本属庸林，未能措置裕如，惟有自请罢斥”。
和胡适搞了场“友谊赛”
与梁士诒关系密切，但在后来的家信中，陈垣写道：“三水（梁士诒是广东三水人）不喜读书，所以不能久处。”
到北京后，陈垣与马相伯交好。马相伯是著名学者，又是江苏省推举的议员，在国会中最年长，每次开会均由他来宣布。在马相伯介绍下，陈垣结识了著名学者英华（字敛之，即英达的曾祖父）。
英华藏书极多，在香山静宜园主持辅仁社，陈垣去借书，英“倾筐倒箧”相助，恰好辅仁社正在做也里可温（元代对基督徒的通称，古人记载少且模糊）课题，陈垣仅用10天左右，便写出《元也里可温考》。英华读后，极表赞赏，将其出版。
《元也里可温考》引起巨大反响，以此为契机，陈垣逐渐转向学术研究。
1923年，陈垣参加了曹锟贿选，自称是一生污点。
1926年，英华去世前，推荐陈垣接手辅仁社。辅仁社是1902年马相伯、英华联名上书罗马教皇，请求投资设立的“公教大学”。1927年正式更名为辅仁大学，陈垣在此担任了45年校长。
1932年至1937年，陈垣与胡适相邻而居，陈垣兼任北大国学门导师，与胡适曾同事多年。1933年，二人因学术问题写信争了七八个月。在信中，陈垣讽刺说：“一言以为智，言不可不慎。”最终二人谁也没说服谁，只是“聊为友谊的比赛”。
辅仁大学向教育部申请注册时，按规定，必须有校董会，陈垣拉胡适当校董，胡适说“我是无神论者，怎么能当天主教大学的校长”，但还是帮了这个忙。
于大节处绝不苟且
陈垣与胡适之争，源于治史路径不同。
胡适考据功夫不足，一味强调方法，陈垣则言必有据，承接乾嘉传统。在“五四”后偏重“新史学”的氛围下，陈垣常被误会。
其实陈垣治学颇有世界视野，他曾说：“现在中外学者谈汉学，不是说巴黎如何，就是说东京如何，没有提中国的。我们应当把汉学中心夺回中国、夺回北京。”
陈垣治学极勤，曾用10年时间，读完3.6万册《四库全书》，堪称海内第一人。
1937年，北京沦陷，为保护辅仁大学，陈垣无法南下。
当时日本与德国是同盟国，辅仁大学校务长是德国人雷冕，罗马宗座在华代表蔡宁也是德国人，辅仁大学因此成了北方唯一未被日伪接管的中国大学。在陈垣先生周旋下，日方同意“文史各科课程仍用原有课本，不用日文教材；门外不悬挂日本国旗；日文不作为必修课”。
在北方沦陷区中，辅仁大学是唯一的、国民政府承认学历的大学，故学子纷纷投考，1943年时，在校学生已增至4000余人。
在沦陷区，陈垣治史方法又有改变，在重考据之外，也强调古为今用，主张用历史教育唤醒民族记忆、砥砺民族精神。
汪精卫叛国后，一次来北京访问，召见陈垣，陈垣称病不去，汪亲自登门拜访，拜帖只敢写“新会同乡汪兆铭”，不敢写官衔，陈垣不得已见了他。抗战胜利时，陈垣亲自站在街边，手执小旗迎接中国军队。
门下弟子多英才
1949年，北京和平解放前夕，胡适劝二陈南下，陈寅恪与胡一道离去，陈垣却留了下来。
1949年4月29日，媒体上发表了署名为陈垣的《给胡适之先生一封公开信》，在信中说：“亲眼看到人民在自由的生活着，青年学生们自由学习着，教授们自由的研究着。”二人此后再无联系。
胡适认为此信非陈垣所写，理由有二：
一是陈垣已近70岁，思想不可能转变得这么快。其实，陈垣晚年勤读马列著作，说：“闻道太晚了。但，虽是晚了，只要自己努力，还来的及。”
二是陈垣很少写白话文。一般认为，此信曾经范文澜修改，增色不少。
1959年，陈垣入党，他说：“今天对我来说是一生中最光荣的日子。”
1962年起，陈垣先生患病，仍坚持工作，他说自己年轻时学过医，知道问题出在哪里，注意保养，反而比表面健康的人活得久，犹如锔过的碗更结实。
1971年6月，陈垣先生去世，享年91岁。
陈垣先生有三任妻子，原配是包办婚姻，陈垣到京后二人各自生活，陈在老家的二房死于意外事故。
在光华医学院时，陈垣与学生徐蕙龄自由恋爱，共同生活了40年。晚年陈垣与助手、女弟子刘乃和往来密切，徐与陈产生矛盾，便搬到天津去住。
陈垣先生桃李满天下，除“陈门四学士”（余逊、柴德赓、启功、周祖谟）外，史念海、史树青、朱家溍、翁独健、赵光贤、单士元、陈述、台静农、牟润孙、冯成钧、姚从吾、蔡尚思、白寿彝、邓广铭、苏晋仁等大家都曾门下聆训。
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